אופן ניהול המכון הדמוקרטי שואף להיות דמוקרטי יותר ויותר תוך יצירת דמוקרטיזציה  בתוך תרבות הארגון עצמו.

כארגון לשינוי חברתי אנחנו מאמינים שאנו מחויבים לנהוג בעצמנו על פי תפיסת העולם העומדת בבסיסו של הארגון   – לפעול פנימה באופן שבו אנו מאמינים שארגונים וקהילות צריכים לפעול.

הכלים של ניהול דמוקרטי הנם כלים חדשים יחסית בעולם הארגוני. כחלק מהאתיקה המקצועית שלנו וכחלק מהיותנו ארגון מפתח ומכשיר, אנו מנצלים את הפלטפורמה הארגונית שלנו כדי לבחון מבנים, פרקטיקות, התנהלויות ומתודולוגיות ארגוניות דמוקרטיות. בצורה זו אנחנו משכללים אותם עבור עצמנו ועבור קהל הארגונים אתם אנו עובדים.

חשוב לנו להוביל תהליכים פנים ארגוניים מורכבים מתוך שקיפות, פתיחות, אמון ואמונה באדם וביכולתו להתפתח וללמוד. את כל העקרונות האלו אנו מטמיעות  בתהליכי גיוס ומיון של מועמדים, בשיבוץ עובדים למקומות של תשוקה וחוזקה, בתהליכי הערכה של עובדים, בטיפול בפרט, בהדרכת העובדים וגם בסיום ופרידה.